剥削制度、贫富两极分化的深刻经济根源在于生产资料私有制。在剥削制度下,生产资料往往集中在少数人手中,导致贫富差距的扩大。因此,选项C是正确答案。其他选项如资源配置差异、市场发育不完全、经济发展不平衡等虽然也可能影响贫富差距,但不是剥削制度和贫富两极分化的根本经济根源。