《巴塞尔协议Ⅱ》重点涵盖的风险类型包括信用风险、市场风险和操作风险。协议在考核资本充足率时考虑了这三种主要风险。因此,选项A、C和D是正确的。而国别风险和财务风险并未在《巴塞尔协议Ⅱ》中明确提及作为重点涵盖的风险类型,所以选项B和E是不正确的。