在支票交换过程中，当收、付款单位不在同一银行机构开户时，银行应如何记账？

根据题目描述的情景，当收、付款单位不在同一银行机构开户时，银行在支票交换过程中，会根据票据交换收妥的支票进行记账。根据参照解析，银行会借记“存放中央银行款项”科目，贷记“单位活期存款一持票人户”科目。因此，正确答案为C。