下列各项中，应计入制造企业存货成本的有哪些？

存货成本是指企业为采购、生产、加工、销售商品而发生的各种耗费和支出。对于制造企业来说，存货成本主要包括采购成本和生产成本。

A选项，进口原材料支付的关税是采购成本的一部分，应计入存货成本。

B选项，采购原材料发生的运输费也是采购成本的一部分，应计入存货成本。

C选项，自然灾害造成的原材料净损失通常被视为非正常损失，不计入存货成本，而是可能计入营业外支出或相关资产的成本。

D选项，用于生产产品的固定资产修理期间的停工损失工损失应计入生产成本，属于存货成本的一部分。

因此，应计入制造企业存货成本的有A、B、D选项。