下列各项中，制造企业应确认为无形资产的是哪一项？

本题考查无形资产的定义。

选项A和B中的商誉，由于无法与企业自身分离，不具有可辨认性，因此不能确认为无形资产。
选项C中的内部研究开发项目在研究阶段发生的支出，由于具有很大的不确定性，因此所有的支出都要费用化，不能确认为无形资产。
选项D中的以缴纳土地出让金方式取得的土地使用权，如无其他特殊表述，可以确认为无形资产。因为土地使用权是企业拥有并可以带来经济利益的资源，符合无形资产的定义。