甲公司于2019年4月1日向高管人员授予股票期权，相关协议规定及实际情况如下： 1. 授予股票期权数量为每人1万份，共授予给50名高管人员。 2. 高管人员在连续服务三年后，可以以每股5元的价格购买相应股票。 3. 股票期权在授予日的公允价值为每份15元。 4. 预计在未来两年将有5名高管人员离开公司，但2019年无高管人员离职。 5. 截止到2019年年末，每份股票期权的公允价值变为13元。 请根据上述信息计算甲公司在2019年因股份支付协议应确认的股份支付费用金额。

甲公司因该股份支付协议在2019年应确认的股份支付金额计算如下：

首先，计算实际高管人员人数。由于共有50名高管人员被授予股票期权，但预计在未来两年将有5名高管人员离开公司，因此在2019年实际高管人员人数为45人。

其次，计算应确认的股份支付费用。根据股份支付协议规定，这些高管人员自2019年4月1日起在甲公司连续服务3年，即可以每股5元的价格购买1万股甲公司普通股。因此，等待期为3年。而在2019年，只过去了其中的九个月（从2019年4月1日至年末）。所以，应确认的股份支付费用需要考虑时间权重。

最后，根据公式计算股份支付费用。具体计算为：(授予的职工人数（45人）-预计等待期内离开的总人数（0人）)×授予每人的期权份数（1万份）×期权在授予日的公允价值（15元）×本期占等待期的时间权重（9/36）。计算结果即为甲公司因该股份支付协议在2019年应确认的股份支付费用金额，为168.75万元。因此，正确答案为A。