关于甲公司库存股和股本变动的会计处理，下列说法正确的是？

关于甲公司库存股和股本变动的会计处理，选项D是正确的。

解析如下：

A. 2×19年6月1日甲公司应确认库存股增加100万元。这个选项没有给出具体的背景信息，无法判断正确性。

B. 2×19年6月1日甲公司应确认增加资本公积300万元。同样，这个选项也没有给出具体的背景信息，无法判断正确性。资本公积的增加通常与股本发行或特定交易有关，而不是与库存股的增加直接相关。

C. 2×19年9月20日甲公司股本余额为4400万元。根据提供的参考解析，正确的处理应该是2×19年9月20日甲公司股本余额=5000-200=4800万元，因此这个选项是错误的。

D. 2×19年9月20日甲公司库存股余额为400万元。根据参考解析中的会计处理，这个计算是正确的。库存股的增加和减少会影响其余额，这里给出的数字与会计处理相符。

综上所述，正确答案是D。