甲公司在面临A公司的软件专利权诉讼时，因涉及有偿委托开发的软件可能有侵权问题，需考虑年末应确认的资产和负债。请问甲公司年末应确认的资产和负债分别为多少？

对于甲公司年末应确认的资产和负债，需要考虑以下因素：

1. 甲公司对A公司的赔偿可能性在50%以上，最有可能发生的赔偿金额为30万元。这符合负债确认的条件，因为这是一个现时义务，了结可能导致经济利益流出企业，且金额能够可靠地计量。因此，应确认的负债金额为30万元。
2. 甲公司与乙公司的关系是一个有偿委托开发关系，如果软件确有侵权问题，乙公司应承担连带责任。甲公司从乙公司获得的补偿最有可能为35万元。这个补偿金额只有在基本确定能够收到时才能作为资产单独确认。
3. 在确认补偿金额时，不应超过所确认负债的账面价值。因此，确认的资产金额应为30万元，与负债金额相等。

综上所述，甲公司在年末应确认的资产和负债分别是30万元和30万元，答案为A。