上市公司股东代公司偿还了应付账款1000万元，实际上这属于对企业的资本性投入，请分析下列哪种处理方式正确？

根据题目描述，上市公司股东代上市公司偿还了一笔应付账款，经济实质表明这属于对企业的资本性投入。因此，正确的处理方式是减少应付账款的同时，增加“资本公积—股本溢价”。选项C正确，而其他选项不符合题目的描述和会计处理的规则。