关于政府补助对A企业2×18年度利润总额的影响，以下哪个选项是正确的？

首先，政府拨付的财政拨款为900万元，用于购买大型科研设备。该设备实际成本为960万元，其中60万元以自有资金支付。因此，政府补助的部分主要用于支付设备购置。

在2×18年度，该设备开始投入使用，并需要计提折旧。设备的预计使用寿命为10年，预计净残值为0，采用年限平均法计提折旧。在2×18年度，该设备计提折旧计入管理费用的金额为960万元的设备成本除以10年的使用寿命，再除以12个月，然后乘以已经使用的月份（假设至年末共使用11个月），计算得出为88万元。

同时，政府补助的部分需要分摊到每年的使用中。因此，递延收益摊销计入其他收益的金额是900万元的财政拨款除以10年的预计使用期限，再除以12个月，然后乘以已经使用的月份（假设至年末共使用11个月），计算得出为82.5万元。

最后，计算2×18年度上述业务影响利润总额的金额，即递延收益摊销计入其他收益的金额减去设备折旧计入管理费用的金额，得出-5.5万元。因此，影响2×18年度利润总额的金额为-5.5万元，选项B正确。