A公司用厂房换取了B公司的专利权，厂房的原值为2000万元，已折旧400万元，减值准备200万元。此外，A公司支付了补价200万元给B公司。在不考虑商业实质和相关税费的情况下，计算A公司换取的专利权的入账价值。

根据会计准则，非货币性资产交换不具有商业实质时，应以账面价值为基础进行计量。A公司换出厂房的账面价值为原值减去折旧和减值准备，即2000万元原值减去400万元折旧和200万元减值准备，得到1400万元。加上支付的补价200万元，得到A公司换入专利权的入账价值为1600万元。因此，答案为C。