甲公司通过定向增发普通股取得乙公司80%股权，并控制乙公司。合并过程中，甲公司支付对价包括定向增发的股票和可能的额外合并对价。不考虑其他因素，甲公司该项企业合并的合并成本如何计算？

甲公司通过定向增发普通股取得乙公司80%的股权，并且控制乙公司，因此属于企业合并中的控股合并。关于企业合并的合并成本计算如下：首先，甲公司需要支付的对价是定向增发的普通股的总价值，即2000万股普通股乘以每股的市价6元，等于12000万元。此外，甲公司还需要支付额外的合并对价300万元，这是因为双方约定如果乙公司未来3年平均净利润增长率超过10%，甲公司需要支付这300万元。财务顾问费100万元属于为企业合并发生的初始直接费用，应计入管理费用，并不计入合并成本。因此，甲公司该项企业合并的合并成本为12300万元（12000万+300万）。选项B是正确的。