乙企业在甲企业破产情况下，对其出租给甲企业的机器设备行使取回权的方式正确的是？

根据企业破产法律制度的规定，人民法院受理破产申请后，债务人占有的不属于债务人的财产，其权利人有权通过管理人取回。因此，乙企业行使取回权的方式应当是通过管理人取回，选项C正确。自行取回、通过债权人会议取回以及申请人民法院裁定取回均不符合法律规定。