下列与公司有关的纠纷中，应当以公司为被告的有（）。

本题考查与公司有关的纠纷中的被告问题。

A选项正确：在股东会决议不成立诉讼中，原告请求确认决议不成立，应当列公司为被告。

B选项错误：在股东代表诉讼中，股东作为原告，相关责任人作为被告，公司列为第三人，并非以公司为被告。

C选项正确：在股东查阅权诉讼中，由于股东的查阅权受到侵害，股东可以公司为被告提起诉讼。

D选项错误：在股东资格确认诉讼中，诉讼的双方当事人是名义股东与实际控制人或者其他争议股东，并不以公司作为被告。

故，本题应当以公司为被告的纠纷有“股东会决议不成立诉讼”和“股东查阅权诉讼”，答案为A、C。