企业需要筹集资金1000万元，现有三种筹资方案供选择。根据资本成本比较法，确定最优资本结构是：

首先，需要计算每个方案的加权平均资本成本。加权平均资本成本是指企业各种资本来源的平均成本，用于评估企业的资本结构调整是否合适。计算时，需要考虑每种资本的资本成本以及其在总资本中的比例。具体计算如下：

方案一：长期借款的税后资本成本为6%×(1-25%)，即4.5%。发行普通股的资本成本为15%。加权平均资本成本 = 4.5%×(500/1000) + 15%×(500/1000) = 9.75%。

方案二：发行长期债券的税后资本成本为5.5%。发行普通股的资本成本为15%。加权平均资本成本 = 5.5%×(400/1000) + 15%×(600/1000) = 11.2%。

方案三：长期借款的税后资本成本为6%×(1-25%)，即4.5%。发行长期债券的税后资本成本为5%。发行普通股的资本成本为16%。加权平均资本成本 = 4.5%×(400/1000) + 5%×(200/1000) + 16%×(400/1000) = 9.2%。

比较三个方案的加权平均资本成本，方案三的加权平均资本成本最低。因此，根据资本成本比较法，最优资本结构是方案三。