注册会计师已完成乙公司2019年度财务报表的审计工作并出具审计报告，审计档案已归整。以下哪些情况发生后，可能需要变动审计底稿？

根据问题描述，注册会计师对乙公司2019年度财务报表的审计工作已经完成并出具了审计报告，且审计档案已经归整。对于各选项的分析如下：

A. 2020年5月5日，乙公司发生火灾，烧毁一生产车间，导致生产全部停工。这一事件是在财务报表报出日后发生的，注册会计师不需要采取行动，因此不影响审计底稿。

B. 法院对乙公司涉讼的专利侵权案作出最终判决是在财务报表报出日后，且由于无法合理估计赔偿金额，乙公司在2019年度财务报表中已充分披露该事项并未确认预计负债。因此，这一判决结果不影响审计底稿。

C. 注册会计师在2020年5月15日知悉乙公司2019年12月31日已存在的、可能导致修改审计报告的舞弊行为。这是在审计完成后的第三阶段发现的问题，需要注册会计师采取行动，这可能涉及对审计底稿的变动。

D. 乙公司收回一笔2019年已经注销的应收账款，金额为1000万元。这一事件也是在财务报表报出日后发生的，不需要注册会计师采取行动，因此不会影响审计底稿。

综上所述，只有选项C涉及的情况需要在审计完成后进行底稿变动。因此，可以变动底稿的情况是选项C。