关于审计程序中的具体步骤，下列哪一项是检查被审计单位应纳增值税额的正确操作？

：在审计程序中，检查被审计单位应纳增值税额的正确操作是根据审定的当期应纳增值税的主营业务收入，按规定的税率，分项计算、复核本期应纳增值税税额。这是因为增值税的计算是基于销售额和税率来确定的，因此需要审计人员对被审计单位的销售额进行审查，并按照规定的税率计算应纳增值税额。选项A、B、C虽然也是审计程序中的步骤，但它们更多地关注在被审计单位的内部控制和实质性分析上，而不是专门用于检查应纳增值税额的操作。因此，正确答案是D。