针对甲公司存货审计过程中的三项操作，判断管理层和注册会计师的指令是否恰当。

针对第(1)项，管理层的盘点指令要求将盘点日前已验收但尚未办理入库手续的若干原材料单独摆放，不纳入盘点范围是不恰当的。因为盘点的主要目的是确认存货的数量和状况，包括所有应属于公司的存货，无论是否办理入库手续，都应纳入盘点范围。

针对第(2)项，存货监盘计划要求从存货盘点记录中选取项目追查至存货实物，以验证存货数量的准确性。然而，仅通过这种方式只能验证存货记录的准确性，而不能证实存货记录的完整性。为了验证存货记录的完整性，还需要从存货实物中选取项目追查至盘点记录。因此，该指令也是不恰当的。

针对第(3)项，A注册会计师在抽盘过程中发现1个样本项目存在盘点错误，并直接要求甲公司在盘点记录中更正该错误是不恰当的。抽盘的目的之一是评估重大错报风险，发现的错误可能意味着存在其他未被发现的错误。注册会计师应当进一步调查原因，并考虑潜在错误的范围和重大程度，而不是仅仅因为错误不重要就得出满意的结论。