注册会计师实施银行存款余额函证程序时，以下哪些做法是正确的？

本题考查银行存款余额实施函证程序的正确做法。

注册会计师实施函证程序时，应该遵循以下原则：

选项A：以被审计企业的名义寄发银行询证函，这是正确的做法。因为被审计企业是审计的对象，以企业名义寄发询证函能够确保审计的独立性并明确审计责任。

选项B：除了零余额账户和在本期内注销的账户，并不一定需要对所有银行存款账户实施函证程序。注册会计师可以根据具体情况和审计策略选择需要函证的账户。因此，这一选项不是必须正确的做法。

选项C：由被审计企业代为填写银行询证函后，交由注册会计师审核无误后发出并回收，这是正确的做法。注册会计师需要确保询证函的准确性和完整性，并由企业代为填写后经过注册会计师审核，以确保信息的真实性和可靠性。

选项D：如果银行询证函回函结果表明没有差异，不能直接认定银行存款余额是正确的。因为可能存在银行已经支付的款项而企业没有入账的情况。因此，仅仅依靠询证函的回函结果并不能直接确认银行存款余额的准确性。

综上所述，正确的选项是A和C。