注册会计师在所有审计项目中应当实施的审计程序包括哪些？

根据给出的参照解析，管理层凌驾于控制之上的风险属于特别风险，无论对这类风险的评估结果如何，注册会计师都需要实施特定的审计程序。其中就包括测试日常会计核算过程中的会计分录和编制财务报表过程中的其他调整是否适当（选项A）；复核会计估计是否存在偏向，并评价由此产生的偏向环境是否表明存在由于舞弊导致的重大错报风险（选项D）；对于超出被审计单位正常经营过程的重大交易，评价其商业理由是否表明被审计单位从事交易的目的是为了对财务信息作出虚假报告或掩盖侵占资产的行为（选项C）。此外，注册会计师在实施实质性程序时，应当包括将财务报表中的信息与其所依据的会计记录进行核对或调节（选项B）。因此，所有这四个选项都是注册会计师在所有审计项目中应当实施的审计程序。