针对管理层凌驾于内部控制之上的风险，下列审计程序中应当实施的有哪些？

针对管理层凌驾于控制之上的风险，审计程序应当实施的有：

1. 测试被审计单位在报告期末作出的会计分录和其他调整是否适当，以确认是否存在管理层通过不当调整会计分录或财务报表来掩盖真实情况的风险。因此选项A是正确的。
2. 复核与以前年度财务报表反映的重大会计估计相关的管理层判断和假设，以评估是否存在偏向性的会计估计，这有助于发现管理层是否通过调整会计估计来进行舞弊。因此选项B是正确的。
3. 对于超出被审计单位正常经营过程的重大交易，评价其商业理由是否充分，以判断这些交易是否为了对财务信息作出虚假报告或掩盖侵占资产的行为。这有助于识别管理层利用特殊交易进行舞弊的风险。因此选项C是正确的。

而选项D“在年末对被审计单位的所有存货进行监盘”虽然是审计程序的一部分，但它主要关注的是存货的数量和计价方面的风险，与识别管理层凌驾于控制之上的风险关系不大。因此，选项D不是针对管理层凌驾于控制之上的风险的专门审计程序。