针对管理层凌驾于控制之上的风险，注册会计师应当设计和实施哪些审计程序？

针对管理层凌驾于控制之上的风险，注册会计师应当设计和实施以下审计程序：

1. 测试日常会计核算过程中作出的会计分录以及编制财务报表过程中作出的其他调整是否适当。由于管理层凌驾于内部控制之上，注册会计师需要测试这些过程是否受到不当影响，以确保财务报表的准确性。

2. 复核会计估计是否存在偏向。注册会计师需要评估管理层的会计估计是否合理，以及是否存在偏向性的估计，这可能表明存在由于舞弊导致的重大错报风险。

3. 对于注意到的、超出正常经营过程或异常的重大交易，评价其商业理由的合理性。由于管理层可能通过非正常交易来操纵财务报表，注册会计师需要关注这些交易并评价其商业理由是否可靠。

因此，正确答案为A、B、D。选项C“对相关控制运行的有效性进行测试”在这种情况下可能没有必要，因为管理层已经凌驾于内部控制之上，内部控制的有效性可能已经失效。