注册会计师应以书面形式与治理层沟通的事项是（ ）。

注册会计师应当以书面形式与治理层沟通的事项包括审计中发现的重大问题以及审计准则要求的注册会计师的独立性。因此，选项D是正确的。而对于审计计划的范围和时间安排、审计过程中遇到的重大困难以及所有内部控制缺陷，注册会计师可以选择口头或书面方式与治理层进行沟通，不必一定要以书面形式。