关于审计报告中需要特别指出的事项，以下哪些情况需要特别处理并在报告中明确体现？

对于审计报告中需要特别指出的事项，选项A中注册会计师发现新的错报，管理层对财务报表进行了修改，这种情况在审计过程中是常见的，一般不需要特别处理，除非错报对财务报表产生了重大影响。选项B中，被审计单位持续经营能力存在不确定性，但已进行了充分的披露，虽然已充分披露，但注册会计师仍需要在报告中以强调事项段的形式提醒报表使用者关注。而选项C中，被审计单位持续经营能力存在不确定性，并且拒绝进行披露，这种情况比较严重，注册会计师应当出具否定意见。选项D中，被审计单位受到其他单位起诉，指控其侵犯专利权，要求其停止侵权行为并赔偿造成的损失，法院已经受理但尚未审理，注册会计师应当在报告中以强调事项段的形式提醒报表使用者关注这一事项可能带来的影响。因此，需要特别处理并在报告中明确体现的选项是BC。