关于内部控制缺陷的分类，下列说法正确的是？

内部控制存在的缺陷包括设计缺陷和运行缺陷。设计缺陷是指内部控制设计时存在的问题，而运行缺陷则是在内部控制实际执行过程中出现的问题。因此，选项D正确。而选项A描述的是重大缺陷，选项B描述的是重要缺陷，选项C虽然提到了内部控制缺陷的两种类型，但没有按照严重程度进行分类，因此都不是完整的描述。