关于内部控制缺陷的分类,内部控制存在的缺陷包括设计缺陷和运行缺陷。设计缺陷是指内部控制设计时存在的缺陷,运行缺陷则是在内部控制实施过程中出现的偏差或不足。因此,选项D正确。选项A和选项B对重要缺陷和重大缺陷的描述存在错误。选项C虽然提到内部控制存在的缺陷按其严重程度分类,但未列举出具体的类别,因此也不准确。