注册会计师应在内部控制审计报告中增加强调事项段的情形有哪些？

注册会计师在考虑在内部控制审计报告中增加强调事项段时，主要会面临以下情形：

A选项描述的是如果某项控制对企业发展战略、法规遵循、经营的效率效果等控制目标的实现有重大不利影响的情况。这并不是注册会计师在审计报告中需要特别强调的事项，因此A选项不符合题意。

B选项描述的是如果认为内部控制存在一项或多项重大缺陷的情况。虽然这是重要的问题，但注册会计师在审计报告中通常会对这些重大缺陷进行说明，并不需要在强调事项段中特别指出。因此，B选项也不符合题意。

C选项涉及的是如果确定企业内部控制评价报告对要素的列报不完整或不恰当的情况。在这种情况下，注册会计师会在审计报告中增加强调事项段，说明这一情况并解释得出该结论的理由。因此，C选项是正确的。

D选项涉及的是注册会计师可能知悉在基准日并不存在、但在期后期间发生的事项，并且这类期后事项对内部控制有重大影响的情况。在这种情况下，注册会计师会在审计报告中增加强调事项段，描述该事项及其影响，或者提醒内部控制审计报告使用者关注企业内部按制评价报告中披露的该事项及其影响。因此，D选项也是正确的。

综上所述，注册会计师应当在内部控制审计报告中增加强调事项段的情形包括C和D选项。