在作出是否有必要实施函证的决策时，下列各项因素中，注册会计师应当考虑的有（）。

注册会计师在作出是否有必要实施函证的决策时，应考虑以下因素：

A. 评估的认定层次重大错报风险：这是决策的重要因素之一，因为函证通常用于验证重要账户或交易的准确性，当评估的认定层次存在重大错报风险较高时，函证程序可能更为必要。

B. 函证程序针对的认定：不同的函证程序可能针对特定的认定，如存货数量、应收账款金额等。在考虑是否实施函证时，需要考虑函证程序所要验证的具体认定。

D. 实施除函证以外的其他审计程序获取的审计证据：注册会计师需要考虑通过其他审计程序能否获取足够的、适当的审计证据。如果其他审计程序能够获取足够的证据，可能不需要实施函证程序。

对于选项C，“被审计单位管理层协助注册会计师实施函证程序的能力或意愿”，这并不是注册会计师在决定是否实施函证时必须考虑的因素。注册会计师应该根据专业判断和审计准则来决策是否实施函证，而不是被审计单位管理层的协助能力或意愿。因此，选项C不是正确答案。