关于增值税专用发票的开具与使用的相关说法，正确的有？

关于增值税专用发票的开具与使用，正确的说法包括：
A项中提到的专用发票基本联次为两联是不准确的，实际上基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。
B项药厂销售免税药品不得开具增值税专用发票是正确的。
C项商业企业销售烟、酒给消费者不得开具增值税专用发票也是正确的。因为烟和酒属于应税消费品，而增值税专用发票是开具给购买方用于抵扣税款的凭证，消费者不需要抵扣税款，所以不得对其开具增值税专用发票。
D项关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准予其抵扣进项税款的说法是正确的。如果纳税人善意取得了虚开的增值税专用发票，并且在一定期限内能够重新取得合法有效的专用发票，那么可以允许其抵扣相应的进项税款。因此，正确答案为BCD。