A公司通过股权转让获得收益，在计算企业所得税时，不得扣除的是哪一项？

根据参照解析，企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。因此，在计算企业所得税时，A公司不得扣除的是被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额，即选项B。