某企业符合小型微利企业的条件，成本（费用）支出额为258万元，应税所得率为9%，根据税法规定计算该企业实际应纳所得税额。

根据题目中的公式计算，首先计算应纳税所得额，公式为：应纳税所得额=成本（费用）支出额÷(1-应税所得率)×应税所得率。将题目中的数据代入公式，得到应纳税所得额=258÷(1-9%)×9%=25.52万元。然后，因为该企业符合小型微利企业的条件，且应纳税所得额低于300万元，所以所得减按25%计入应纳税所得额，适用20%的税率。最后计算应纳所得税额，公式为：应纳所得税额=应纳税所得额×税率。代入数据计算，得到应纳所得税额=25.52×25%×20%=1.28万元。因此，该企业实际应纳所得税额为1.28万元，答案为A。