下列哪些情形属于纳税人需要办理综合所得年度汇算清缴？

根据国家税务总局关于综合所得年度汇算清缴的相关规定，下列情形属于纳税人需要办理综合所得年度汇算清缴：

A选项中，纳税人年度综合所得收入不超过12万元的，属于无须办理年度汇算清缴的情形，因此A选项错误。

B选项中，纳税人年度综合所得收入超过12万元且需要补税金额超过400元的，需要办理综合所得年度汇算清缴。因此，选项B是正确的。

C选项中，纳税人申请退税的，也属于需要办理年度汇算清缴的情形，因此选项C是正确的。

D选项中，纳税人已预缴税额与年度应纳税额不一致但不申请退税的，无须办理年度汇算清缴，因此选项D错误。