下列哪些船舶在从境外进入我国港口时，可免征船舶吨税？

根据《船舶吨税税目税率表》的规定，从境外进入我国港口的船舶中，免征船舶吨税的是自境外以购买、受赠、继承等方式取得船舶所有权的初次进口到港的空载船舶。因此，选项D是正确的。选项A错误，因为应纳税额在人民币50元以下的船舶免征船舶吨税，而不是人民币100元以下。选项B和C都需要正常纳税，没有免税的优惠。