在吨税执照期限内，应税船舶发生哪些情形时，海关会按照实际发生的天数延长吨税执照期限？

根据海关规定，在吨税执照期限内，应税船舶发生下列情形之一的，海关可以按照实际发生的天数批注延长吨税执照期限：

1. 防疫隔离，并不上下客货（选项B）；

2. 修理，并不上下客货（选项C）；

3. 军队征用（选项D）。

因此，正确答案为B、C、D。选项A中的“避难，并上下客货”并不符合延长吨税执照期限的规定。