甲企业2019年在某市拥有两块土地，其中一块土地的使用权属于免税单位，甲企业有偿使用；另一块土地中，企业办幼儿园和学校的用地能与其他用地明确区分。请根据所提供的信息，计算甲企业2019年全年应缴纳的城镇土地使用税。

对于甲企业2019年的城镇土地使用税计算，首先需要注意土地使用权属于某免税单位的土地，甲企业有偿使用，但由免税单位缴纳城镇土地使用税，甲企业不用缴纳。其次，企业办的幼儿园和学校，其用地能与其他用地明确区分开的，免征城镇土地使用税。因此，应纳税的土地面积为40000平方米减去6000平方米的幼儿园用地和10000平方米的学校用地，即24000平方米。最后，根据单位税额每平方米25元计算，甲企业2019年全年应缴纳的城镇土地使用税为24000平方米乘以25元/平方米，等于600000元。因此，答案为C。