在城镇土地使用税中，关于纳税人实际占用的土地面积如何确定的问题？

在城镇土地使用税中，关于纳税人实际占用的土地面积确定的问题，主要依据以下原则：

1. 如果由省、自治区、直辖市人民政府确定的单位组织测定了土地面积，那么以测定的面积为准。
2. 如果没有组织测量，但纳税人持有政府部门核发的土地使用证书，那么以证书确认的土地面积为准。
3. 对于尚未核发土地使用证书的情况，应由纳税人申报土地面积，待核发土地使用证后再作必要调整。

因此，对于纳税人实际占用的土地面积，最终是由税务机关核定纳税人实际使用的土地面积，选项D正确。