下列各项中，哪些属于城镇土地使用税的计税依据？

城镇土地使用税的计税依据一般为纳税人实际占用的土地面积。对于各项选项，分析如下：

A项，商店由房地产管理部门核发的土地使用证书上所确认的土地面积，这是纳税人实际占用的土地面积，因此应作为计税依据。

B项，企业厂区外向社会开放的公园用地，根据城镇土地使用税的规定，这部分土地是暂免征收城镇土地使用税的，不属于计税依据。

C项，饭店尚未领取到土地使用证书但据实申报的土地面积，这也是纳税人实际占用的土地面积，应作为计税依据。

D项，尚未组织测量但纳税人持有政府部门核发的土地使用证书，以证书上确认的土地面积为准。这也是纳税人实际占用的土地面积，因此应作为计税依据。

综上所述，属于城镇土地使用税的计税依据的有某商店由房地产管理部门核发的土地使用证书上所确认的土地面积、某饭店尚未领取到土地使用证书但据实申报的土地面积以及尚未组织测量但纳税人持有政府部门核发的土地使用证书，以证书上确认的土地面积为准。因此，答案为ACD。