对于下列项目中,免征耕地占用税的是农村居民经批准搬迁,新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分。而选项A(占用耕地建设农田水利设施)、选项B(学校内经营性场所和教职工住房占用耕地)、选项C(医疗机构内职工住房占用耕地)均不属于免征范围。因此,正确答案为D。