下列哪些行为应当缴纳契税？

对于应当缴纳契税的行为，根据相关规定，主要包括土地、房屋等不动产的买卖、赠与或交换等权属转移行为。选项A中的将自有房产无偿赠与他人属于赠与行为，应当缴纳契税。而选项B中的转让集体土地承包经营权并不属于土地使用权的转让，因此不需要缴纳契税。在选项C中，婚姻关系存续期间夫妻之间变更房屋权属是免纳契税的。最后，选项D中以自有房产投入本人独资经营的企业，也不需要缴纳契税。因此，正确答案为A。