在哪些条件下，纳税人需要进行土地增值税的清算？

根据土地增值税清算的规定，符合一定条件的纳税人需要进行土地增值税的清算。题目中给出的四个选项中，只有D选项“直接转让土地使用权”是符合“应进行土地增值税的清算”的情况之一。其他三个选项都是主管税务机关可以要求纳税人进行土地增值税清算的情况，而不是必须清算的情况。因此，正确答案为D。