甲工业企业在市区转让办公用房的相关税务计算问题。

（1）根据税法规定，转让不动产应按照差额征税的方式计算增值税。本题中，转让办公用房的产权转移书据上记载的金额为含增值税收入6000万元，购置时的发票金额为800万元，因此应缴纳的增值税为（6000-800）÷（1+5%）×5%=247.62万元。城市维护建设税、教育费附加及地方教育附加以增值税为计税依据，合计为247.62×（7%+3%+2%）=29.71万元。印花税则按照合同金额计算，为6000×0.5‰=3万元。合计应缴纳税费为32.71万元。

（2）转让办公用房计征土地增值税的扣除项目包括购置价格、契税以及转让环节缴纳的税费。其中，购置价格按照购置时的发票金额计算，契税为实际支付的金额，转让环节缴纳的税费为前述计算的印花税和城市维护建设税等附加税费合计金额。因此允许扣除的金额为800×（1+5×5%）+24+32.71=1056.71万元。

（3）土地增值税应税收入等于转让收入减去相关税费后的金额，即6000-247.62=5752.38万元。增值额为土地增值税应税收入减去允许扣除的金额，即增值额为土地增值税应税收入减去允许扣除的金额后的余额。根据增值额和增值率计算土地增值税税额，本题中增值额为较大，适用最高税率档次计算税额。最终应缴纳的土地增值税为增值额乘以适用税率再减去允许扣除金额乘以速算扣除系数。