在计算货物运输合同印花税时，某公司签订了一项价值为40,000元的货物运输合同，不包括装卸费用，那么应纳印花税的金额是？

货物运输合同的计税依据为运输费用，不包括装卸费用。应纳印花税的计算公式为：应纳印花税 = 运输费用 × 印花税税率。根据题目，运输费用为40,000元，印花税税率为0.3‰，因此应纳印花税 = 40,000 × 0.3‰ = 12元。所以，应纳印花税的金额是12元，答案为B。