下列哪些情况下，税务机关有权核定纳税人的应纳税额？

根据税务机关核定纳税人应纳税额的情形，包括擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的情况，因此选项A是正确的。其他选项中，选项B已经缴纳税款，不属于核定应纳税额的情形；选项C正当理由的情形不属于税务机关核定应纳税额的范围；选项D依法设置账簿的情形是正常的纳税行为，也不属于税务机关核定应纳税额的情形。因此，答案为A。