某居民企业以其持有的一处房产投资设立一家公司，如不考虑特殊性税务处理，下列关于该投资行为涉及企业所得税处理的是（ ）。

本题考核非货币性资产投资企业所得税的处理。

选项A：根据规定，以房产投资时，应以房产的公允价值作为被投资方的计税基础，而不是账面价值，故A选项错误。

选项B：以房产对外投资确认的转让所得，应按相关规定，在不超过5年的期限内分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，而不是6年，因此B选项错误。

选项C：非货币性资产投资的纳税申报时间不是签订投资协议的当天，而应在投资协议生效并办理股权登记手续时确认非货币性资产转让收入的实现，因此C选项错误。

选项D：对房产进行评估，并按评估后的公允价值扣除计税基础后的余额确认房产的转让所得，这是正确的处理方法，故D选项正确。