下列情形中，纳税人应当进行土地增值税清算的是（ ）。

纳税人应当进行土地增值税清算的情形包括：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。因此，选项C“直接转让土地使用权的”是正确的。其他选项中，取得销售许可证满1年仍未销售完毕的、转让未竣工结算房地产开发项目50%股权的、房地产开发项目尚未竣工但已销售面积达到50%的，不属于必须进行土地增值税清算的情形。