下列行为中，应当缴纳契税的是（ ）。

本题考核契税的纳税人和征税范围以及可能的税收优惠。

选项A：个人以自有房产投入本人独资经营的企业，因为未发生权属变化，不需要办理房产变更手续，所以不需要缴纳契税。

选项B：企业将自有房产与另一企业的房产等价交换，这种等价交换行为是免征契税的。

选项C：公租房经营企业购买住房作为公租房，这是为了公共利益而进行的购房行为，通常免征契税。

选项D：企业以自有房产投资于另一企业并取得相应的股权，这是一种产权转移的行为，应当缴纳契税。因此，正确答案是D。