M股份有限公司因股权结构问题导致治理困境，其主要原因是什么？

根据材料描述，M公司的股权结构存在分散化的问题，其中三大股东控制公司，其余流通股东分散且难以与之抗衡。这种股权结构的分散化导致股东之间无法形成相互制衡的关系，存在潜在的不稳定性，因此M公司治理问题产生的主要原因是股权结构的分散化。其他选项如所有权和控制权的分离、董事会和监事会监督职责实施不到位、股份有限公司的自身弱点等虽然也可能影响公司治理，但根据材料描述，股权结构的分散化是M公司治理问题产生的主要原因。