《中药学综合知识与技能》的主要内容不包括将药物分作16部。实际上,《本草纲目》是将药物分作16部。而《中药学综合知识与技能》是一门关于中药学的综合性课程,不会按照将药物分作16部的方式来组织内容。因此,选项D是不正确的。