药物分子与靶标的键合方式中,作用强而持久的是共价键结合。共价键键能较大,形成的化学键较为稳定,因此作用强而持久。其他选项中,离子键结合虽然作用也较强,但相对于共价键结合来说,其稳定性稍差;氢键结合、离子-偶极结合和范德华力结合属于较弱的非共价键结合,作用相对较弱且不太持久。因此,本题答案为B。