临床主要用于耐药金黄色葡萄球菌的糖肽类抗菌药物是

万古霉素属于糖肽类抗菌药物，临床主要用于耐药金黄色葡萄球菌或对β-内酰胺类抗菌药物过敏的严重感染。因此，根据题目要求，临床主要用于耐药金黄色葡萄球菌的糖肽类抗菌药物是万古霉素，答案为D。